这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。
树乃仓厳，34岁。一个孤独的露营爱好者，享受着独自一人的露营生活。在一次露营结束后准备返回时，厳遇到了一个超新手的露营者——草野雫。虽然厳一开始并不情愿，但他还是与雫一起开始了“二人独自露营”！厳安静的露营生活将会发生怎样的变化呢……
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
